崇祯二年，正是京察之年，首辅温体仁利用这个机会打击异己，把有可能威胁到他的官员，全部借着这个机会，找因由弄走。
四月中，马懋才向朱由检递上奏折，当初李云崖给了朱由检三个预言，第一个是天启皇帝的死亡，第二个是是陕西旱灾，朱由检十分在意，去年也确实有灾情传来，他特地派马懋才去陕西考察，马懋才回来告诉朱由检：“去年全年无雨，草木枯焦，民争采山间蓬草为食，篷草尽，则剥树皮而食，树皮尽，则掘山中石块而食，不数日则腹胀下坠而死。”
又说“饥民相聚为盗，与其坐等饿死，不如为盗而死。烧人骨为薪，煮人肉为食，而食人之人，不数日面目赤肿，燥热而死。于是死枕藉，臭气薰天，安塞县城外掘数坑，每坑可容数百人，不及掩埋者，又不知还有多少？小县如此，大县可知，一处如此，他处可知……”
写得如历历在目，朱由检看得鼻子发酸，下令户部发银救灾，两个月之后，大明侯报上登出灾银被官吏贪污的事情，皇上拨出多少银子李云崖都知道，未出京城被大小官员们腰斩一半，到了省里剥一层，州府剥一层，到县里再剥一层，几十万两银子最终所剩无几，连这点银子也被县里分发给当地乡绅，让他们代发给灾民，最后的结果自然可想而知了。
朱由检看完之后怒气冲天，一脚踢到了龙书案：“该杀！该杀！统统该杀！”咬牙切齿，一拳将窗棂打碎，把一个小太监给当场吓尿了。
朱由检让刑部和大理寺彻查此事，因为有了上次的经验，他不怎么相信刑部，又派锦衣卫去陕西，一明一暗两条线，最后结果都是报纸所载不实，但是结果比较有趣，刑部和大理寺这边说京城里的官员并没有贪污，银子到了地方，被贪污了一部分，抓出十几个府里得小吏当替罪羊。锦衣卫调查的结果是下边得到的钱都分发给灾民了，只是上边根本没下来那么多的银子，还推脱说有很大一部分被去年作乱的盗匪给抢走了。
看着两种结果，朱由检体会到了一种前所未有的无力感，这证明不但在京城的官员们相互勾结，锦衣卫到了地方，也被下面的人给收买了。
今年二月户科给事中刘懋上书要裁撤驿站冗卒，说是每年能剩下来几十万两白银，朱由检正因为国库空虚，钱不够花，答应了，结果失业的驿卒，流窜的饥民，还有逃亡士兵纷纷起义，陕西那边已经一片糜烂，偏偏去年大臣们纷纷辞职，朝堂上人才空乏，政务搞得一塌糊涂。
在听说了要裁撤驿卒的消息之后，李云崖特地进宫来见朱由检，指出那样做的后果，李云崖知道李自成是驿卒，被裁撤之后起义了，所以一再劝说要朱由检收回成命。
朱由检却觉得他有点危言耸听，只让他管好中研院和军校那一摊，朝堂上的事自己来解决。
万万想不到，今天李云崖所做的预测，全部都应验了，陕西大旱，这是天灾，驿卒裁撤则是*，加剧了反贼的许多气焰，到如今已经一发不可收拾。
回到后宫，周皇后也劝他：“臣妾不懂得治国之道，但想着，那么多大臣穷经皓首研习圣人教化，总不会不如一个方外之人……”
朱由检立即把脸沉下来了：“皇后难道忘了，后宫不得干政！前朝的事情，大臣们如何，朕又如何，不劳皇后费心！”说完一甩袖子，转身走，这是他跟周皇后成婚以来第一次红脸。
朱由检心中烦躁不安，几乎愁白了头发，连刚出生不久的宝贝儿子都没空看，然而屋漏偏逢连夜雨，辽东又传来消息，袁崇焕矫诏，也是以皇上的名义，斩杀了皮岛上的毛文龙！
毛文龙所在的皮岛靠近朝鲜一带，处于满清的另一方，每当皇太极出兵去打锦州得时候，毛文龙率兵上岸，斜插满清的软肋，弄得满清非常难受，不敢全力进攻大明，必须留人在后方看家。
最重要的是，毛文龙是东江镇总兵，左都督，由先皇天启时候赐下的尚方宝剑，相当于军区司令员，这么大个官，袁崇焕说斩给斩了，要知道这时候算是判定的死囚犯，也得由皇上亲批才能问斩。
朱由检这时又想起李云崖说的，袁崇焕非帅才，与大将不和，久必生祸，现在终于爆发了！
他对袁崇焕的愤怒自不必说，但仍然下旨表彰袁崇焕，说毛文龙飞扬跋扈，目无军法，他做得很对，让他继续镇守辽东……只要袁崇焕能够完成他得诺言，五年之内平定辽东，这些都可以既往不咎，哪怕他不能解决建奴，只要能守住辽东，也可以暂不处置他！
朱由检暗暗地攥紧了拳头，强行忍下心中的怒气。
李云崖知道，在崇祯二年的时候，皇太极有一次入关，但这话他不能跟朱由检说，否则的话，万一皇太极不来它可惨了，他要是三长两短，甚至哪怕不再被朱由检信任，未来的大业无法在进行下去了，不过他还是告诉朱由检，让他调满桂为遵化总兵，镇守京城北边的大安口、龙井关一代，以防止建奴从这里杀过来。
满桂也是边关大将，资历比袁崇焕还老，他跟袁崇焕不和，两人当年把官司打到御前，后来满桂被调到了山关里，两人一个守关里，一个守关外。
朱由检对于军事方面的事，从不刚愎自用，他很相信专业，于是拿到朝堂上来说，他也是心眼实，有心让李云崖在朝臣方面得形象有所改观，说这是李云崖的建议，结果立即引起了大臣们得集体反弹，连温体仁的人都开始表示反对。
温体仁经过去年一年的运作成功入阁，今年又借着京察打压异己，搞得风风火火，本来他也没想这么早对上李云崖，但他深知李云崖是自己的一个强劲的对手，如今李云崖自己把把柄递过来，他正好顺水推舟，借力打力。
于是满朝文武都说建奴绝不可能从大安口和龙井关一代过来，因为这样建奴需要绕过宁锦防线，甚至得从蒙古那边绕，并且这条道多是山地，十分难走，有兵部的官员甚至说，如果是建奴敢从这条道进来，他便如何抄起后路，如何关门打狗，如何一战将建奴全部歼灭。
朱由检听说之后，也放了心：“云崖也是忧国忧民，想要未雨绸缪，既然不妥，也罢了，此事不必再提！”后面攻击李云崖的话，不让大家再说了。
李云崖知道这件事情之后，叹了口气，继续做自己的事，军校的训练始终在按部班地进行，他不断从里面抽调出少量的人去做别的事，然后再从京营里调人来补足，始终保持在不到六千人的数量。
经过了一年时间，兵工厂里生产的火|枪大炮质量又上了一个台阶，孙元化果然是专家，还有徐光启帮忙，李云崖说的一些现代的道理，他们一听懂，然后应用于实践。
李云崖是个眼高手低的，知道很多理论，但在这个时候都无法落实，那些工匠们是眼低手高的，手艺虽然精良，但只会干活，文化水平太低，孙元化这三位正好弥补了中间的断层，甚至能够举一反三，用很多李云崖想象不到的“土办法”代替后世的办法解决难题，枪炮质量提升了一大截子，除了改进原来的加农炮和火箭炮之外，又造出了迫击炮。
李云崖没上过高中，不懂得抛物线和三角函数，他只知道弹道的大致原理，过去在上没少跟人论中国的弹道导弹到底有没有可能打到美国的航母这种话题，这些东西跟工匠们说是说不明白的，拿到中研院一说，立即得到三位院士的关注，除了宋应星继续研究李云崖带来的那些新种子以及肥料应用之外，徐光启和孙元化都来研究弹道学，忙活了小半年，经过几次改进，终于造出了第一批迫击炮，还给上面增加了两个半圆弧形交叉的标尺，让炮兵可以根据时辰日影，再加上向下垂落的线锤算出最佳的仰角。
民用工业方面也得到了很大的发展，原来的产业越办越好，李云崖又建了纺织厂，宋应星带着助手设计大型的纺织机，包括棉、麻，以及动物绒毛制品，不求质量，只求数量，做得速度极快，成本也低，再加上瓷器、农具、造纸、印刷、玻璃制品等大量投入到市场当中，资本主义萌芽正在茁壮成长！
当然这得花不少钱，但李云崖的产业也有不少挣钱的，单是一个火炉在冬天里挣了成吨的银子回来，从去年秋天开始，他培训了一大批工匠，到客户家里，帮忙将炉子安好，炉筒子架设成功，添上煤或者木材，烧得轰轰作响，满室皆热，京城里凡是不差钱的人家，几乎每家都安装几套，李云崖还让火炉厂做出特殊的模具，在炉子上引出四喜临门，吉庆有余等字迹，再高一等的还会做个虎脸、鹤首等形象，这样一个炉子，加上七八节带花纹的炉筒，能卖到一百两银子！