朱由检想起李云崖跟他说过的那些话：大臣们把你软禁在紫禁城里，上上下下结党营私，内外勾结,沆瀣一气，把你当作无知小孩哄骗耍弄,你做困愁城,毫无办法。他又想起当初他要大臣们为国捐款时，大臣们那一幕幕的姿态,再看现在这些银子，简直是讽刺！
朱由检感觉自己过去从小到大，根深蒂固养成的世界观破灭了！价值观也破灭了！
什么圣君修德！什么亲贤臣远小人！都是骗人的！都是骗人的！
朱由检恨不能抽出宝剑乱砍一通,他想要大声质问苍天,我自从即位以来,我修的德还不够吗？从古至今，有那个皇上是吃素的？有那个皇上穿打补丁的衣服？我努力地按照圣贤书上说的去做，我立志要做一个明君,然而结果是这样的！！！
然而朱由检并没有拔剑乱砍,也没有大声咆哮，他只是坐在那里,一口气憋在心里。
曹化淳看他脸色越来越差,小心翼翼地过来劝慰：“陛下？”
朱由检看了他一眼，长长吐出气：“传旨，让国师安排好山西军务，立即回京！”
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接到圣旨的时候，李云崖正在率兵往回赶，在前不久，他以不到五万的军力，大破高迎祥八十万大军，随后沿着汾河两岸一路向南追击，五战五胜，打得农民军土崩瓦解，狼狈逃回陕西。
高迎祥这次因为陕西闹灾，没有粮食，想来山西抢点吃的，结果偷鸡不成蚀把米，他带过来四十多万军队，最终能够逃回陕西的，各部加起来不足三万，剩下的全都丢在晋地。
洪承畴比较辣手，主张杀一批，留一批，李云崖不同意，他把高迎祥在山西挟裹的本省百姓甄别出来，要原籍派出所开发证明，只要在籍的，不问罪过大小，一律发给路费送还回家，又拿出五十万两银子给山西省公安厅，由公安系统给各地受灾的百姓重建家园。
在这里面有不少山西本地的，在当初公安部普查户口时候躲避起来没有登记的，李云崖一律按照外来人口算，跟陕西过来的叛军一起，共计三十二万之多，分批押往京城。
李云崖要发展工业，把京津一代建立大明朝第一个工业基地，需要高度的人口基数和人口密度，这些俘虏里面青壮者占百分之九十以上，老弱的早都在灾荒和战乱中死去了，能活到现在的都是命硬的，甘陕之地自古出强兵，日后不管是让他们走进工厂还是征兵都是上上之选。
当日接到北京发生政变的消息，李云崖并没有立即回军，消息传递需要时间，赶路更需要时间，等他率兵赶回北京黄花菜都凉了，高迎祥还可能随后掩杀，数十万饥饿的农民军蜂拥而至，一旦让他们得了势，到哪里都是毁灭性的灾难。
其实李云崖一直预防着“清君侧”这种事情的发生，在北京城里面有刘懋凯的一千多武警战士，城外有吴三桂的一万七杀卫，实在不行，还有天津卫袁崇焕的五千海军陆战队，此时北京周边并没有像样的部队，除非满清皇太极再杀进来，否则这些力量足以保证安全，温体仁他们也是闹上一闹，绝对无法掀出什么像样的风浪。
只是他没想到周皇后会死，心里五味杂陈：还是小看了温体仁的魄力！
他把高迎祥重新撵回陕西，派贺人龙驻守潼关，阻止高迎祥进河南，仍然命洪承畴守山西，这回他把卢象升和他那一万破军营留下了，还留给公安部一百万斤玉米作为救灾充饷之用，然后急急忙忙返回京城。
李云崖没打算进入陕西彻底剿灭高迎祥，他现在手上的军队太少，在山西这边有主场优势，高迎祥几十万乱军集结在一起，被他一打是崩溃状态，但是如果进入甘陕地带，主客易位以后，农民军即使被打散也不会崩溃，他反而会陷入处处是敌人的险地。
好在经此一役，刚刚新生的大乾帝国元气大伤，这些年攒下来的家底几乎全部扔在山西了，能打的兵将也都死伤逃亡殆尽，想要再次攻入山西，没有几年休养生息根本不可能，现在只需要提防他从汉中攻入四川即可。
李云崖带着曹变蛟率领贪狼骑匆匆回京，朱由检亲自出城门迎接，当看到身穿军装，骑乘白马迅速驶近的李云崖，朱由检紧悬着的心一下子放下来了，这些天来所积攒下的担惊受怕、愤怒悲恸等一切情愫仿佛找到了宣泄口，要一下子全部爆发出来，让他鼻子发酸，说话时难掩哽咽：“云崖，你回来了……”
“我回来了！”李云崖翻身下马，将马鞭交给亲卫，直接上了朱由检的车架，这车子还是他送给朱由检的，大号的四轮马车，车厢仿佛一间小房子大，里面有木质的床榻茶几等，相当于古代版的房车，现在已经是深秋，车床关闭，门脸垂落，谁也看不见里面的情况。
朱由检本来要下车的，动作没有李云崖快，被他抢先跳上来。
经过半年的战争生活，李云崖比原来更壮实了不少，坐在那里，气度仿若高山一般不可动摇，给人一种可以倚靠的感觉，朱由检强忍着，眼眶里只是泛潮，并未落泪，他不想在李云崖面前露出自己的软弱：“云崖，你走这半年……”
“一切都会好起来的。”李云崖抓过朱由检的一只左手，拍带他的肩膀，“你放心，一切有我。”停顿了会，“咱们终能战胜一切困难，让大明皇朝，让中华民族，屹立在这个世界之巅！”
一句话说得朱由检心里热乎乎的，如今朝堂上的官员七零八落，朝政纷乱如麻，他不得不让各部主事把要拍板的事情写成奏章直接让太监送到宫里，每天处理成堆的奏折把他累得头昏脑涨，只能睡不到两个时辰，算如此，也无济于事，各部里的事情千头万绪，他不了解情况，又不懂得里面的条理，根本无法作出决定，后宫里二皇子朱慈烜又生了病，让他焦头烂额。
他虽然很坚强，有雄心大志，但毕竟年龄阅历都很有限，这会是最彷徨无助的时候，李云崖告诉他“一切有我”，还要跟他一起将大明治理好，他眼睛里的泪水终于忍不住流出来。
“皇上，你瘦了。”李云崖拿出纸巾给他擦脸上的眼泪，都说男儿有泪不轻弹，他知道朱由检并不是个软弱的人，这次政变对他的打击实在是太大了，从小接受的圣人教育所养成的世界观一夕间崩塌殆尽，厮守多年的妻子背叛自己参与谋逆，紧跟着又被人从城楼上扔下来，摔得脑浆迸裂……这种打击换做是谁都会觉得不知所措。
两人同乘一车进城，李云崖先去看自己的干儿子朱慈烜，小家伙是崇祯二年生人，到现在还不足两周岁，小小的一只，看见李云崖，眼睛瞪得大大的。
朱慈烜这次得的是感冒，秋天换季时候，气温冷热变化大，感冒也属于正常，李云崖拿了一盒感冒药给主事得宫女，告诉她按时给皇子服用，量一定要控制好。
第二天，李云崖开始正式办公，六部已经乱了套了，太多的事情无法处理，李云崖到乾清宫里跟朱由检研究，在纸上写写画画，勾勒出一个全新的国家框架。
首先设民政部，管理天下的户籍；设财政部，管理商农等税收。这两个部代替原来的户部。
然后设外交部，管理藩属国事务；设教育部，管理老制的科举和后来的小学。代替礼部。
再设法务部，跟公安部一起代替原来的刑部；设国防部，代替原来的兵部。
裁撤只会耍嘴皮子骂人的督察院，该设监察部，另设农业部、工业部、商业部，分别管农工商三民，再加上一个卫生部。
在财政部、法务部、公安部、教育部、卫生部、农业部、工业部、商业部这八大部之上设立内阁，李云崖亲自做第一任的内阁总理。
把国防部、外交部、监察部另成一个系统，由皇帝直接管理。
李云崖告诉朱由检：“大明朝有两亿人口，每天发生的事情千头万绪，你当皇帝的，久处于深宫之中，一来处理不了这么多的事情，二来你不知道下面的事也处理不好，该放权的时候得放权，交给下面的人做好，你只要牢牢掌握住军权，民政的事能不管不要管，都给总理负责。”
李云崖这举动有点夺|权的味道在里面了，让朱由检吃惊万分，他想要问问李云崖，你是不是真的要谋朝篡位？
只是自古以来篡位没有这么篡的，实在是李云崖太坦诚了，完全是一副我完全在实心诚意帮你做事的样子，你如果不愿意拉倒……朱由检在心里大声告诉自己：你要相信云崖，云崖是天上下界的仙人，不会贪恋人间的富贵权势的，云崖要想杀你，随手能够变出宝剑来，早杀你千百回了！他现在别人都靠不住，也只能靠李云崖了。
默默地给自己催眠了会，朱由检把心里那点不舒服消化掉了，决定按照李云崖说的来做！