皇太极在崇祯二年时候被打伤了元气，今年高迎祥被打得伤筋动骨，暂时都没有能力再闹了,满朝大臣又因为政变的事情被打杀一空，现在正是进行全面改革的最好时期,本来李云崖还想再缓几年,一方面自己的能力不足，另一方面他在朱由检的心里信任度还没有达到足够的高度。
过去他是从士大夫手里面夺|权,这回是从朱由检手里夺|权，万一朱由检认为他要谋朝篡位，两人翻脸,要大事不妙,李云崖在空间里装了成堆的掌心|雷,还有好几架火箭车跟野战炮，每次进宫时候都小心翼翼，一旦朱由检翻脸他抢先动手,如果真到了那种地步他绝不会束手待毙！
但是朱由检没有,不管他提出什么主张，朱由检都照单全收,这让李云崖心里很有些惭愧,他告诉朱由检：“我们要构建一个坚固稳定的政治架构，过去之所以每一个朝代都逃脱不了三百年灭亡的魔咒，已经证明了老旧的那一套是行不通，我们要弄一个更加完善的，咱们一起为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平！”
朱由检问：“你们封缘星上的国家都是这样的吗？”
李云崖很肯定地回答：“是！”
李云崖最先动的是国防部，他划分了三大战区，调卢象升到辽东做东北战区总司令，总管一切军务，不管政务，权利比原来的督师要小。调孙传庭到山西做西北战区总司令，把洪承畴调回来做公安部部长，孙传庭打仗的能力一流，但是跟江南文坛牵扯太多，虽然在温体仁政变期间镇压了不少叛乱和治安问题，但是手不够狠，李云崖把更加心狠手黑的洪承畴换上来。
李云崖给三人都颁布了任务，让孙传庭以破军营为基础在山西练兵，要在三年之内练最少八万精兵。他把贪狼骑给卢象升派去带往辽东，以压制那帮骄兵悍将，要他按照经营的标准，把辽东军包括关宁铁骑在内的一切军队，全部打散重新整编，卫所土地重新丈量，严打军中吃空饷等*问题，有一个查一个，不管是谁，从严从重，一打到底！
辽东军虽然生猛，但也免不了有这个时代的种种陋习，甚至更加严重，吴襄、祖大寿等人自然更是其中的佼佼者，国家省吃俭用挤出来的军饷大部分都进了他们的腰包，过去怕他们造反投敌，还要指望他们对付满清，所以不曾动他们，这回卢象升有一万精锐的贪狼骑在手，他们即便造反也不怕了，卢象升到任之后，在数日之内捆了上千名军官，全部重铐打入囚车，押往京城。
兵车刚发半日，接到朱由检的圣旨，说这些人为国守门，于国有功，与当初京营情况不同，让他酌情赦免，卢象升离京时候得了李云崖的叮嘱，将这帮人降职留用，有的降一级，有的降三级，有的一撸到底，没收家产，再给李云崖回书，并给朱由检递折子，李云崖从中甄别，跟朱由检商量着将部分人调往西北到孙传庭那里听用，以彻底解决辽东军派系的尾大不掉之势。
孙承宗前脚被召回京城，后脚辽东军被拆散整编，老头知道这位国师大人手腕很高，以为鸟尽弓藏，自己这么一大把年纪也该退休回家，含饴弄孙了，不想李云崖很快登门拜访，跟他请教了一大堆关于军事方面的问题，最后更是请他接掌国防部长一职：“本来老先生年事已高，也该让先生回家享受天伦之乐，只是如今国家危急，百废待兴，我只能厚着脸皮来求老先生，再为大明奋斗几年，请先生万勿推辞！”
孙承宗摸不准他的真实意图，虽然李云崖满脸诚恳，情真意切，但在官场上厮混了一辈子的孙承宗仍然不敢随便答应，不然的话说不定哪天脑袋也要搬家：“国师乃天人下凡，能使鬼神拉车，呼风唤雨，点石成金，老朽如今已经老眼昏花，这两年一遇到阴天下雨，双腿酸疼难忍，已经是半截要入土的了，便是想为国鞠躬尽瘁也是不能了，还请国师千万莫要怪罪……”
李云崖见请不动，回头找朱由检：“孙大人是国宝，咱们千万得请他出来，有他执掌国防部，咱们才能放心地去做别的事情。”
于是第二天，两人联袂来找孙承宗，一听说皇上来了，孙承宗赶忙出来把两人迎接到屋里，李云崖跟朱由检隔着一个矮几坐在椅子上，朱由检又说请孙承宗接掌国防部长的事情，李云崖在旁边帮腔：“我可跟皇上说好了，你这次如果还不肯，我们明天再来，当年刘玄德请诸葛亮三顾茅庐，老先生之于大明，堪比诸葛亮之于蜀汉，咱们也可以来个三顾、四顾，总要你出山方罢。”
孙承宗感动得老泪纵横，跪下来向朱由检叩拜：“老朽如何能比得上诸葛孔明？承蒙皇上和国师不弃，老朽为国尽忠，鞠躬尽瘁，死而后已！”
朱由检和李云崖双双过来把他搀扶起来，终于说动孙承宗答应了，回去之后，两人商议着，封孙承宗为高阳侯，太子太师，赐蟒袍玉带，孙承宗已经快七十岁了，在这年头已经极高寿了，国防部长做完也该回家养老了，他一生为大明朝做的贡献也够多，给这样的封赏也说得过去，孙承宗知道以后，又亲自进宫谢恩，老头会来事，过年时候还派长孙来给李云崖送年礼。
李云崖知道这个时候最忌讳猜忌，他要让朱由检相信他，自己做的一切都没有半点私心，都是为了国家好，所以不管做什么都把朱由检带上，让朱由检对于建设国家有参与感，等将来国家好了他也有荣誉感。
朱由检将锦衣卫和东厂裁撤掉，让孙承宗在国防部下面设国安局，专门负责皇帝和重要官员的安保工作，内阁的部长和副部长级别干部，出门都由国安局派人保护。
朱由检派人从武当派弄来一群高手，其中有个少年叫王征南，年纪虽小，但武艺颇精，人也机灵，朱由检让他在自己身边做贴身护卫。
两人一起设计各部门的职责和权利，在这过程当中，朱由检发现李云崖懂得的真多，连一户农家每年花多少钱，一亩地产多少粮都知道，很多东西都让他觉得大开眼界，原来政府跟百姓之间的关系是这样的，下边的人如何逃税漏税，蕃台和臬台之间是如何相互勾结，军官又是如何抽取军饷……原本他两眼一抹黑，根本毫无头绪的奏折，到了李云崖这里，随便几句话能解决。
他开始逐渐相信李云崖的话：一个生长在深宫里的人，是没办法治理好这样一个庞大的国家的，自己把权利都握在手里，不但自己活的累，国家也会被自己搞糟，历史上国家兴盛的朝代，很多时候都是名相掌权，皇上垂拱而治的时候，远有商鞅变法，近有张居正改革……
其实最打动他的，是李云崖说的这样一番话：“你不想跟我出去走走？以后我要造铁壳的超级大船，比皇极殿还要大上许多倍！出海去朝鲜，去日本，去琉球，去爪哇，去印度，去非洲。去看黑人，看白人，吃香蕉、吃椰子、吃菠萝！难道你愿意一辈子待在紫禁城里？不只是你，将来你的儿子，你的孙子，要么被圈禁在紫禁城里，要么被圈禁在封地，跟住监牢有什么不同？”
听李云崖说起海外风情，朱由检十分心动：“只是历来一国之君不能轻动……”
二十来岁的年轻人，谁不愿意出去走走？当年正德皇帝呆不住，偷着跑出紫禁城到长城外面去跟蒙古人打仗，后来宁王造反把他高兴坏了，非要御驾亲征不可，刚走到半路，宁王被王守仁擒住，正德皇帝让王守仁赶紧把宁王放了，他要再打一次，臣子们都批判正德荒唐，实际上也正是从另一个方面反映出了作为皇帝的无奈。
“所以你要放权，你不能什么权利都抓着，那样你会把自己圈禁在紫禁城里，把自己活活累死，国家也会每况愈下，你放下的越多，得到的也越多。”
朱由检无法接受：“那我将帝位传给别人，岂不是更好？”
李云崖乐了：“你是怕臣子们造反吗？你千防万防，还不是有温体仁造你的反？你权利越大，他们越会造你的反，你如果给内阁总理足够多的权利，他们都去争相当总理了，谁还冒着被抄家灭族的危险要当皇上？况且，枪杆子里面出政权，国防部还在你手里，还有监察部，专门考核监督百官的，有这两个部门在你手里，你还怕什么？”
朱由检沉思许久，最后点头道：“我明白了，书上写在董仲舒罢黜百家独尊儒术之前，汉朝都是以黄老之道治国，要皇帝无为而治，你是道家人，可是这个意思？”
“是这个意思！”李云崖见朱由检自己找到圣贤经典依据，意外地高兴，“有时候无为比有为更好，你听我的，五年之后，不出十年，我保证带你出海，去看十来丈长的大鱼！”
“十来丈长？可是《庄子》上说的鲲？我们要去北海吗？”
“不只是北海，到时候我们哪里都可以去的！而且那东西在各个海域都有，还有好多好多的有趣的东西，你都看过一遍，才不枉了此生，否则只待在紫禁城里一辈子，国家还是千疮百孔一团糟，那又有什么趣味！”
李云崖没事给朱由检讲海外的事情，潜移默化地影响，朱由检听得十分着迷，有时候真的恨不能立刻去看看李云崖说的那种比皇极殿还要高的鹿，还有传说中的狻猊，肚子上有肉袋的大老鼠，新设立的部门，在两人的努力之下，逐渐成型。